Télécharger gratuitement des cours libres dans toutes les disciplines scientifiques

THÈSE - Caractérisation structurale et fonctionnelle d'AGP31, une glycoprotéine atypique de la paroi chez Arabidopsis thaliana

Arabidopsis thaliana
Université Toulouse III - Paul Sabatier
Discipline ou spécialité : Biosciences végétales

JURY
M. LEONARD Renaud - Maître de conférences, Université Lille 
Mme RALET Marie-Christine - Directeur de recherche INRA
Mme ALBENNE Cécile - Maître de conférences, Université Toulouse III
M. ARLAT Matthieu - Professeur, Université Toulouse III
Mme JAMET Elisabeth - Directeur de recherche CNRS (membre invité)

Ecole doctorale : Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingénieries (SEVAB)
Unité de recherche : Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales (LRSV), UMR 5546-UPS/CNRS
Directeur(s) de Thèse : Mme JAMET Elisabeth et Mme ALBENNE Cécile
Rapporteurs : M. LEONARD Renaud, Mme RALET Marie-Christine et M.VAN CUTSEM Pierre
Présentée et soutenue par May HIJAZI

SOMMAIRE
  
 LISTES DES FIGURES ET DES TABLEAUX  
ABREVIATIONS  
CHAPITRE 1. Introduction  

1.1 Organisation anatomique et fonctions de la paroi végétale  

1.2 Architecture moléculaire de la paroi primaire  
1.2.1 Les polysaccharides  
1.2.1.1 La cellulose 
1.2.1.2 Les hémicelluloses  
1.2.1.2.1 Les xyloglucanes 15 1.2.1.2.2 Les xylanes  
1.2.1.2.3 Les β-(1-4)(1-3) glucanes  
1.2.1.3 Les pectines  
1.2.1.3.1 L'homogalacturonane (HG) ou acide homogalacturonique  
1.2.1.3.2 Les galacturonanes substitués  
1.2.1.3.3 Le rhamnogalacturonane I (RG I)  
1.2.1.3.4 Le rhamnogalacturonane II (RG II)  
1.2.2 Les protéines  
1.2.3 Organisation de la paroi primaire  
1.2.4 Les glycoprotéines riches en hydroxyproline (HRGP)  
1.2.4.1 Les protéines riches en proline (PRP) 21
1.2.4.2 Les extensines  
1.2.4.3 Les AGP  
1.3 Structure et fonctions des AGP  
1.3.1 Structure des AGP  
1.3.1.1 Le corps protéique  
1.3.1.2 La partie glycanique des AGP  
1.3.3 Mécanismes d’action des AGP  
1.3.2 Les outils et stratégies utilisés pour l’étude fonctionnelle des AGP  
1.3.4 Fonction biologique des AGP  
1.4 Contexte et objectifs du travail de thèse  
1.4.1 Contexte scientifique  
1.4.2 AGP31 et ses orthologues : état de l’art  
1.4.3 Objectifs de la thèse  

CHAPITRE 2. Matériels et méthodes  

2.1 Matériel  
2.1.1 Matériel végétal  
2.1.1.1 Plantes  
2.1.1.2 Conditions de culture  
2.1.2 Matériel bactérien  
2.1.2.1 Plasmides et vecteurs de clonage  
2.1.2.2 Souches bactériennes  
2.1.2.3 Conditions de culture  
2.1.2.4 Milieux de culture  
2.1.3 Composés chimiques  
2.2 Méthodes  
2.2.1 Expression des protéines recombinantes chez les plantes  
2.2.1.1 Clonage dans le vecteur Gateway® et expression des protéines recombinantes AGP31 et PAC chez A. thaliana et N. benthamiana 
2.2.1.2 Transformations génétiques  2.2.1.3 Etude de la ségrégation du transgène et sélection des lignées homozygotes  
2.2.1.4 Méthodes d’analyse des transcrits  
2.2.2 Expression des protéines recombinantes chez E.coli  
2.2.2.1 Clonage dans le vecteur pBAD-TOPO et expression des protéines recombinantes PAC chez E. coli  
2.2.2.2 Clonage dans le vecteur pMAL-c2 et expression des protéines recombinantes PAC chez E. coli  
2.2.3 Méthodes d’extraction des protéines totales  
2.2.3.1 Extraction rapide de protéines bactériennes ou végétales pour analyse par SDS-PAGE ou lectin blot  
2.2.3.2 Extraction des protéines pariétales 
2.2.3.3 Extraction des protéines recombinantes d’E. coli  
2.2.4 Techniques d’analyse des protéines  
2.2.4.1 Dosage des protéines  
2.2.4.2 Détection des protéines  
2.2.4.3 Identification des protéines par spectrométrie de masse  
2.2.5 Purification des protéines  
2.2.5.1 Purification par le système FPLC (Fast Protein Liquid Chromatography)  
2.2.5.2 Chromatographie d’affinité sur colonne Ni-NTA  
2.2.5.3 Chromatographie d’affinité sur colonne de lectine  
2.2.6 Tests d’interactions protéines/polysaccharides  
2.2.6.1 Extraction des polysaccharides pariétaux  
2.2.6.2 Digestion des hémicelluloses par la protéinase K  
2.2.6.3 Mise en oeuvre des tests d’interactions sur membrane  
2.2.7 Protocoles de marquage pour la microscopie  
2.2.7.1 Préparation des échantillons inclus dans la paraffine  
2.2.7.2 Hybridation in situ  
2.2.7.3 Etude cyto-histochimique des coupes de paraffine par la lectine PNA  

CHAPITRE 3. Caractérisation structurale d’AGP31  

3.1 Resumé de l’article “Characterization of the O-glycosylation heterogeneity of the arabinogalactan protein 31 (AGP31) of Arabidopsis thaliana : Evidence for new Hyp-O-Gal- rich motifs  

3.2 Article  

CHAPITRE 4. Recherche des partenaires d’AGP31 par des tests d’interaction in vitro 

4.1 Les partenaires possibles d’AGP31 dans les parois végétales  

4.1.1 Les partenaires des AGP  
4.1.2 Les protéines à domaine riche en His  
4.1.3 Les protéines à Cys conservées  
4.1.4 Analyse bioinformatique de la structure d’AGP31 : recherche de domaines désordonnés  
4.1.5 Stratégie de recherche de partenaires interagissant avec AGP31 dans les parois végétales  

4.2 Production et purification d’AGP31 et de son domaine PAC 

4.2.1 Purification de la protéine AGP31 native et recombinante 
4.2.2 Production et purification du domaine PAC d’AGP31 recombinant  
4.2.2.1 Optimisation de la production et de la purification du domaine PAC recombinant exprimé chez E. coli  
4.2.2.2 Optimisation de la production et de la purification du domaine PAC recombinant exprimé dans des feuilles de Nicotiana benthamiana  

4.3 Réalisation et validation des puces à polysaccharides  

4.4 Recherche de partenaires d’AGP31 dans les parois végétales  

4.4.1 Interactions d’AGP31 avec des polysaccharides pariétaux  
4.4.2 Interactions du domaine PAC d’AGP31 avec des polysaccharides pariétaux  
4.4.2.1 Tests d’interaction réalisés avec MBP/PAC/V5/6xHis produite dans E. coli  
4.4.2.2 Tests d’interaction réalisés avec PAC/V5/6xHis produite dans N. benthamiana  
4.4.3 Spécificité des interactions entre AGP31 et le galactane et rôle du domaine PAC  
4.4.4 Mise en évidence d’interactions entre AGP31 et le domaine PAC  
4.5 Discussion et perspectives  

CHAPITRE 5. Caractérisation fonctionnelle in planta du gène At1g28290 codant AGP31  

5.1 Caractéristiques de la croissance des plantules étiolées d’A. thaliana et particularités de la mise en place des parois cellulaires  

5.1.1 Développement des plantules d’A. thaliana à l’obscurité  
5.1.2 Mise en place de la paroi des cellules des hypocotyles lors de l’élongation cellulaire  
5.1.3 Stratégies mises en place pour l’étude fonctionnelle d’At1g28290  

5.2 Analyse du patron d’expression d’At1g28290 au cours du développment  

5.2.1 Obtention et analyse de plantes pAt1g28290::GFP::GUS  
5.2.2 Analyse in silico du profil d’expression d’At1g28290 au cours du développement  
5.2.3 Analyse de l’accumulation des transcrits d’At1g28290 par RT-PCR quantitative au cours de la germination à l’obscurité  
5.2.4 Mesure de l’accumulation d’AGP31 au cours de la germination  
5.2.5 Identification des cellules exprimant At1g28290 par hybridation d’ARN in situ et par marquage histochimique d’AGP31 dans des plantules sauvages au cours de la germination  
5.2.6 Conclusion  

5.3 Caractérisation de lignées sous-expresseurs d’At1g28290 (lignées ARNi) et recherche de phénotypes au cours du développement précoce à l’obscurité  

5.3.1 Obtention de lignées ARNi sous-expresseurs d’At1g28290  
5.3.2 Analyse moléculaire des lignées ARNi sous-expresseurs au cours du développement précoce en conditions d’étiolement  
5.3.3 Identification des cellules exprimant At1g28290 par hybridation d’ARN in situ et par marquage histochimique d’AGP31 dans des plantules ARNi sous-expresseurs au cours de la germination  

5.4 Caractérisation de lignées sur-expresseurs d’At1g28290 et recherche de phénotypes au cours du développement précoce à l’obscurité  

5.4.1 Obtention de lignées sur-expresseurs d’At1g28290  
5.4.2 Analyse moléculaire des lignées sur-expresseurs au cours du développement en conditions d’étiolement  
5.4.3 Identification des cellules exprimant At1g28290 par hybridation d’ARN in situ et par marquage histochimique d’AGP31 dans des plantules ARNi sur-expresseurs au cours de la germination à l’obscurité  

5.5 Analyse phénotypique des plantes ARNi sous-expresseurs et sur-expresseurs d’At1g28290 au cours du développement  

5.6 Discussion  

CHAPITRE 6. Conclusions et perspectives  

REFERENCES  
ANNEXES  

Anda baru saja membaca artikel yang berkategori Cours de Biochimie / Cours de Biologie / Cours de Biologie Végétale / Thèses dengan judul THÈSE - Caractérisation structurale et fonctionnelle d'AGP31, une glycoprotéine atypique de la paroi chez Arabidopsis thaliana. Anda bisa bookmark halaman ini dengan URL http://cours-scientifiques-libres.blogspot.com/2012/10/these-caracterisation-structurale-et.html. Terima kasih!
Ditulis oleh: younes younes - mercredi 17 octobre 2012

Belum ada komentar untuk "THÈSE - Caractérisation structurale et fonctionnelle d'AGP31, une glycoprotéine atypique de la paroi chez Arabidopsis thaliana"

Enregistrer un commentaire